Фильтрация базы, в которой используются только ID. Возможно ли это?

Потому что именно работоспособность фильтра и его скорость зависит от этих 2 параметров. Скорость сбора у нас очень высокая, так что собирайте базы сразу через Socialkit.

Использую 400 прокси от fineproxy, результат, честно говоря, не впечатлил. прошелся по 236400 ID за 9 часов

Здравствуйте! Это пакет дешевых низкокачественных прокси. Прокси, которые выдаются такими пачками за 5-10 у.е. обычно используются еще десятками других людей. В процессе фильтрации некоторые из них могли получать временный бан от Instagram, в результате чего весь процесс фильтрации затормаживался. Используйте качественные приватные прокси или комплексно тестируйте прокси перед началом фильтрации (данный функционал встроен в наше ПО). Если Вы не уверены в том, что они сохранят свою работоспособность в процессе, то фильтруйте в несколько этапов небольшие объемы (около 100к записей), а потом сливайте результирующие базы в одно целое (данная функция также есть в нашем ПО). Так и скорость будет высокой и прокси будут постоянно проверяться и использоваться только валидные.

Возможно конвертировать список формата login в список формата id, и как это сделать?

Добрый. Да, на вкладке операции над списками, загружаете необходимый формат, далее обновляете по нему информацию и сохраняете в нужном Вам формате.